Piccolo borgo situato a circa 10 Km da Peccioli, Cedri si erge su un poggio delimitato dai torrenti Isola e Roglio che si uniscono poco più a valle tra le frazioni di Montelopio e Ghizzano.
Le origini di Cedri risalgono al periodo alto-medievale e sappiamo da alcuni manoscritti che nel XII secolo faceva parte dei possedimenti rurali del distrutto castello di Monte Cuccari che diede il titolo alla famiglia patrizia pisana dei conti di Monte Cuccari nella Giurisdizione di Peccioli fin quando, nel gennaio 1161, il conte Guglielmo di Ranieri cedette alla diocesi di Volterra tutte le sue proprietà tra le quali Cedri i cui diritti, infine, passarono al conte Trincuccio di Ranieri nel 1284.
A causa della guerra tra Volterra e San Gimignano, nel 1305, i volterrani fecero costruire a Cedri una rocca con castellare, oggi non più esistente, e alla fine del XIV secolo buona parte dei territori di Cedri furono acquistati dal nobile casato degli Alessandri di Firenze che regnarono a lungo sul paese, al centro del quale è ancora oggi presente la Villa padronale, costruita insieme alla fattoria nel XVIII secolo.
Nella metà del ‘500 Cedri ospitò Gianvettorino Soderini, esiliato da Firenze dai Medici, il quale si innamorò delle piante, degli animali, della coltivazione della terra, tanto da scrivere alcuni trattati ancora oggi, a quattrocento anni di distanza,  molto apprezzati.

Nel periodo del Granducato di Toscana Cedri fu un comune autonomo, unito prima a Vignale, accorpato a Montaione nel 1774, passato infine al comune di Peccioli nel 1835.